Der Sarg des Papstes ist an der Kirche Santa Maria Maggiore angekommen. Empfangen wurde er auf den Stufen der Marienbasilika durch eine Gruppe von etwa vierzig Personen aus Armen, Obdachlosen, Häftlingen, Transgender-Menschen und Migranten. Sie hielten jeweils eine weiße Rose in der Hand.
Franziskus ist der erste Papst seit Leo XIII. (1878 bis 1903), der nicht in den vatikanischen Grotten unterhalb des Petersdoms begraben werden will. Im November 2024 kündigte er im mexikanischen Fernsehen an, dass er Santa Maria Maggiore zu seinem Begräbnisort auserkoren habe. Sie ist eine der vier großen päpstlichen Basiliken in Rom.
Die Kirche in der Nähe des römischen Hauptbahnhofs Termini hat Franziskus besonders geschätzt. Vor und nach jeder Auslandsreise betete er vor der dortigen Marienikone „Salus populi romani“ (Heil des römischen Volkes). In seinem geistlichen Testament schreibt Franziskus: „Ich habe mein Leben und mein priesterliches und bischöfliches Amt immer der Mutter unseres Herrn, der heiligsten Maria, anvertraut. Deshalb bitte ich darum, dass meine sterblichen Überreste in Erwartung des Tages der Auferstehung in der päpstlichen Basilika Santa Maria Maggiore ruhen“.
In Santa Maria Maggiore befinden sich die Gräber von sechs weiteren Päpsten, unter anderen Pius V. (1566 bis 1572) und Sixtus V. (1585 bis 1590). Außerdem ist hier der Bildhauer Gian Lorenzo Bernini (1598 bis 1680) begraben.